醫(yī)院污水要比一般生活污水排放情況復雜，原因在于同一所醫(yī)院各隸屬部門的功能、設施和人員等組成情況不同，所產生的污水組成成分及水量各不相同；再之，不同性質的醫(yī)院產生的污水也是大有不同。醫(yī)院污水來源及成分復雜，具有傳染性，若不經處理或處理不當，會嚴重威脅到人們的健康。
醫(yī)院污水處理原則：
全過程控制原則。
       對醫(yī)院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。

減量化原則。

       嚴格醫(yī)院內部衛(wèi)生安全管理體系，在污水和污物發(fā)生源處進行嚴格控制和分離，醫(yī)院內生活污水與病區(qū)污水分別收集，即源頭控制、清污分流。嚴禁將醫(yī)院的污水和污物隨意棄置排入下水道。 

就地處理原則。
       為防止醫(yī)院污水輸送過程中的污染與危害，在醫(yī)院必須就地處理。 
分類指導原則。

       根據醫(yī)院性質、規(guī)模、污水排放去向和地區(qū)差異對醫(yī)院污水處理進行分類指導。

達標與風險控制相結合原則。

       全面考慮綜合性醫(yī)院和傳染病醫(yī)院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監(jiān)督管理等方面提高應對突發(fā)性事件的能力。
生態(tài)安全原則。
       有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態(tài)環(huán)境安全。
       目前執(zhí)行的《污水綜合排放標準》（GB18466-2005），將醫(yī)院污水按其受納水體不同的使用功能等規(guī)定了相應的糞大腸桿菌群數和余氯標準，對COD、SS等理化指標無特別要求，只需達到要求相對較低的其他排污單位標準，且只給出余氯下限而無上限。

       根據現行標準，現有醫(yī)院污水處理工藝級別低，主要存在：

(1) 懸浮物濃度高，影響消毒效果；

(2)水質波動大，消毒劑投加量難以控制；

(3) 消毒副產物產生量大，影響生態(tài)環(huán)境的安全；

(4）余氯標準無上限，過多余氯危害生態(tài)安全等問題。