單細(xì)胞全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)（Single-cell Bisulfite Sequencing, scBS-Seq）是運(yùn)用線(xiàn)性擴(kuò)增技術(shù)，對(duì)單個(gè)細(xì)胞基因組DNA的甲基化水平進(jìn)行單堿基精確檢測(cè)。分離單細(xì)胞后，將細(xì)胞用特殊的裂解液進(jìn)行裂解，并直接進(jìn)行重亞硫酸鹽處理進(jìn)行轉(zhuǎn)換。轉(zhuǎn)換后的DNA作為模板，經(jīng)隨機(jī)引物擴(kuò)增后進(jìn)行高通量測(cè)序，檢測(cè)全基因組的甲基化水平。該技術(shù)可應(yīng)用于研究單個(gè)細(xì)胞內(nèi)的基因組甲基化圖譜，對(duì)胚胎發(fā)育、腫瘤干細(xì)胞等微量或異質(zhì)性細(xì)胞的甲基化研究提供有力的研究策略。

單細(xì)胞全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)是將單細(xì)胞分離后，通過(guò)單管酶反應(yīng)，將細(xì)胞裂解后的基因組DNA連接接頭，特異性的檢測(cè)單個(gè)細(xì)胞的CpG島和啟動(dòng)子等區(qū)域的甲基化信息。該技術(shù)可運(yùn)用于胚胎發(fā)育、腫瘤干細(xì)胞等微量或異質(zhì)性細(xì)胞的甲基化研究。

微量甲基化測(cè)序是指對(duì)5-10ng的基因組DNA或片段化的DNA，進(jìn)行全基因組甲基化檢測(cè)的技術(shù)。微量DNA樣本的甲基化測(cè)序技術(shù)可應(yīng)用于病灶組織、FFPE樣本和cell-free DNA甲基化檢測(cè)分析。

數(shù)據(jù)解讀分析內(nèi)容

1. 基本數(shù)據(jù)處理
   • 原始數(shù)據(jù)評(píng)估，去除接頭與過(guò)濾低質(zhì)量數(shù)據(jù)；
   • reads數(shù)量以及數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)。
2. 基礎(chǔ)生物學(xué)信息分析
   • 將測(cè)序數(shù)據(jù)與參考基因組比對(duì)，統(tǒng)計(jì)比對(duì)結(jié)果；
   • 基于比對(duì)結(jié)果，統(tǒng)計(jì)各C位點(diǎn)的甲基化修飾信息；
   • 測(cè)序數(shù)據(jù)的堿基覆蓋深度及覆蓋度統(tǒng)計(jì)；
   • 胞嘧啶（CG、CHG、CHH）甲基化水平統(tǒng)計(jì)；
   • 基因組甲基化分布及修飾特征分析；
3. 高級(jí)生物學(xué)信息分析
   • 結(jié)合項(xiàng)目背景的差異甲基化修飾位點(diǎn)(DMS)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結(jié)合項(xiàng)目背景的差異甲基化修飾區(qū)域(DMR)的鑒定、注釋和分布分析；
   • 結(jié)合項(xiàng)目背景的差異甲基化修飾基因的功能、通路和疾病等富集分析；
   • 結(jié)合項(xiàng)目背景，與其他多組學(xué)數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析。

樣本要求

1. 細(xì)胞分離：由合作方完成單細(xì)胞分離
2. 樣品要求：?jiǎn)蝹€(gè)細(xì)胞染色質(zhì)DNA量在0.5 pg-1 ng的范圍，單細(xì)胞樣本體積以不超過(guò)2μl;
3. 單細(xì)胞送樣量：?jiǎn)渭?xì)胞基因組擴(kuò)增，建議重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不小于3個(gè)
4. 微量樣本DNA送樣要求：?jiǎn)蝹€(gè)樣本DNA量≥5ng，體積不超過(guò)30μl，無(wú)污染
5. 樣品寄送：*使用0.2mL平蓋PCR管收集樣品。用Parafilm封口膜纏繞封口，裝入PCR管盒，橡皮筋固定，再裝入自封袋，大體積干冰運(yùn)輸