食品站地埋式污水處理設(shè)備

采用Mo Bio公司的Power Soil DNA分離試劑盒提取18個(gè)樣品中的DNA.采用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)提取的細(xì)菌總DNA.對(duì)16S rRNA基因的V3~V4高變區(qū)片段進(jìn)行PCR擴(kuò)增, 引物序列為515F(GTGCCAGCMGCCGCGGTAA)和909R (CCCCGYCAATTCMTTTRAGT).擴(kuò)增條件為：95℃預(yù)變性2 min, 接著進(jìn)行25個(gè)循環(huán), 包括95℃變性30 s, 55℃退火30 s, 72℃延伸30 s; 循環(huán)結(jié)束后72℃終延伸5 min.每個(gè)樣本3個(gè)重復(fù), 將同一樣本的PCR產(chǎn)物混合后用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè), 全部樣品使用

食品站地埋式污水處理設(shè)備

AxyPrepDNA凝膠回收試劑盒(AXYGEN公司)切膠回收PCR產(chǎn)物, Tris_HCl洗脫; 2%瓊脂糖電泳檢測(cè).隨后在生工生物工程(上海)股份有限公司的Illumina MiSeq平臺(tái)上進(jìn)行高通量測(cè)序分析, 得到原始圖像數(shù)據(jù)文件經(jīng)CASAVA堿基識(shí)別分析轉(zhuǎn)化為原始測(cè)序序列, 結(jié)果以FASTQ文件格式儲(chǔ)存.利用Mothur對(duì)原始序列進(jìn)行校正, 去除序列中的嵌合體, 得到優(yōu)化序列; 在97%的相似性水平上將序列劃分可操作分類單元(operational taxonomic units, OTUs); 采用RDP Classifier貝葉斯算法對(duì)97%相似水平的OUT代表序列進(jìn)行分類分析, 并在各個(gè)分類水平上統(tǒng)計(jì)每個(gè)樣品的群落組成; 利用主成分分析(PCA)分析各床體微生物種群結(jié)構(gòu)分布的相關(guān)性.