變性梯度凝膠電泳系統(tǒng)DGGE介紹：

變性梯度凝膠電泳法（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE）分析PCR產(chǎn)物，如果突變發(fā)生在解鏈的DNA區(qū)域，檢出率可達(dá)100％，檢測(cè)片段可達(dá)1kb，適圍為100bp-500bp?；驹砘诋?dāng)雙鏈DNA在變性梯度凝膠中進(jìn)行到與DNA變性溫度*的凝膠位置時(shí)，DNA發(fā)生部分解鏈，電泳遷移率下降，當(dāng)解鏈的DNA鏈中有一個(gè)堿基改變時(shí)，會(huì)在不同的時(shí)間發(fā)生解鏈，因影響電泳速度變化的程度而被分離。由于變性梯度凝膠電泳法是利用溫度和梯度凝膠遷移率來(lái)檢測(cè)，需要一套的電泳裝置，合成的PCR引物在5`末端加一段40bp-50bp的GC夾，以利于檢測(cè)發(fā)生于高熔點(diǎn)區(qū)的突變。

DGGE原理：

(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)的原理是使用一對(duì)特異性引物，PCR擴(kuò)增微生物自然群體的16s rRNA基因，產(chǎn)生長(zhǎng)度相同但序列有異的DN段的混合物。然后用變性梯度凝膠電泳分離產(chǎn)物混合物。變性梯度凝膠電泳DGGE膠是在6％聚丙烯酰胺膠中添加線性梯度的變性劑，變性劑的濃度由上到下，從低到高成線性梯度。在一定溫度下，在同一濃度的變性劑濃度下，序列不同的產(chǎn)物，其部分解鏈程度也不同，而產(chǎn)物解鏈程度又直接影響其電泳遷移率，結(jié)果不同的產(chǎn)物在凝膠上分離開(kāi)來(lái)。在引物的5’端加上40個(gè)堿基左右的G-C串可使變性梯度凝膠電泳DGGE對(duì)序列差異的分辨率提高到近100％。所以變性梯度凝膠電泳法可用于微生物群落結(jié)構(gòu)的研究、微生物種群動(dòng)態(tài)的分析、富集培養(yǎng)物及分離物的分析、核糖體RNA同源性的分析。但由于在PCR擴(kuò)增過(guò)程中可能存在堿基插入的錯(cuò)誤、不同微生物細(xì)胞破壁難易的不同等而造成分析結(jié)果的偏差。

DGGE應(yīng)用領(lǐng)域：

DGGE變性梯度凝膠電泳系統(tǒng)主要應(yīng)用于環(huán)境樣品細(xì)菌、古細(xì)菌、真菌、真核微生物的多樣性分析（土壤、水等樣品無(wú)需培養(yǎng)，直接提取DNA擴(kuò)增檢測(cè)）動(dòng)、植物體內(nèi)外共生微生物的檢測(cè)；食品微生物的檢測(cè)；醫(yī)學(xué)領(lǐng)域堿基突變的檢測(cè)，雜合子檢測(cè)等等。

DGGE的特點(diǎn)：

DGGE凝膠具有變性劑濃度梯度，可以根據(jù)DN段的退火溫度分辨不同片段，分辨率可達(dá)到一個(gè)堿基。

DGGE具有精密控溫系統(tǒng)，比一般聚丙烯酰胺凝膠電泳具有更高的可重復(fù)性。

DGGE可以對(duì)環(huán)境樣品DNA的PCR產(chǎn)物進(jìn)行分離進(jìn)而克隆測(cè)序，比一般聚丙烯酰胺凝膠電泳僅僅根據(jù)片段長(zhǎng)短進(jìn)行分離前進(jìn)了一大步。

幾乎可以檢出所有突變，無(wú)須對(duì)引物標(biāo)記。

可將突變分子完好無(wú)損地同野生型分子分開(kāi)用于進(jìn)一步的分析。

可檢測(cè)流感病毒基因多樣性，遺傳圖譜分析，單核苷酸差異SNP檢測(cè)。

可檢測(cè)出象甲基化之類(lèi)的DNA修飾。
DGGE實(shí)驗(yàn)流程：

DNA樣品的提取→ PCR擴(kuò)增→ DGGE電泳→ 帶型分析→ 特征條帶的測(cè)序

DGGE技術(shù)指標(biāo)：

兩段程控，每段長(zhǎng)時(shí)間24小時(shí)，控制精度1秒

電壓范圍0-200V，精度0.1%，電流范圍0-150mA，紋波系數(shù)0.1%

微電腦智能控制，中文液晶顯示，具有過(guò)壓、過(guò)流、過(guò)載和報(bào)警等裝置

鉑金電極插座裹覆于安全覆蓋內(nèi)，避免意外觸及,降低緩沖區(qū)因高溫蒸發(fā)

緩沖式槽體以玻璃材質(zhì)制成，于電泳作業(yè)時(shí)，不因高溫變形

完善的加熱，攪拌，緩沖檢測(cè)組件設(shè)計(jì)，使溫度分布均勻達(dá)±0.2ºC

其中緩沖檢測(cè)設(shè)計(jì)無(wú)需額外的蠕動(dòng)泵，使緩沖區(qū)循環(huán)效果達(dá)狀態(tài)

高精度和高可靠性，可對(duì)單堿基突變進(jìn)行檢測(cè)